В бесплатной версии программы вывод марки из оборота возможен только через пробитие чека (т.е. через онлайн-кассу).
В платной можно отсканировать марки в «Реализацию» и в контекстном меню по документу «Электронный документооборот — Сохранить в..» файл УПД. Далее загрузить в личном кабинете оператора ЭДО для последующей отправки.